ટ્યુબરક્યુલોસિસ નિદાન અને ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ માટે એક નવું શસ્ત્ર: ટ્યુબરક્યુલોસિસ અતિસંવેદનશીલતા નિદાન માટે મશીન લર્નિંગ સાથે જોડાયેલી નવી પેઢીના લક્ષિત સિક્વન્સિંગ (tNGS)
સાહિત્ય અહેવાલ: CCa: tNGS અને મશીન લર્નિંગ પર આધારિત ડાયગ્નોસ્ટિક મોડેલ, જે ઓછા બેક્ટેરિયલ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ટ્યુબરક્યુલસ મેનિન્જાઇટિસ ધરાવતા લોકો માટે યોગ્ય છે.
થીસીસનું શીર્ષક: ટ્યુબરક્યુલસ-લક્ષિત આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ અને મશીન લર્નિંગ: પ્યુસિફિક પલ્મોનરી ટ્યુબ્યુલર્સ અને ટ્યુબ્યુલર મેનિન્જાઇટિસ માટે અતિ-સંવેદનશીલ નિદાન વ્યૂહરચના.
સામયિક: 《ક્લિનિકા ચિમિકા એક્ટા》
જો: ૬.૫
પ્રકાશન તારીખ: જાન્યુઆરી ૨૦૨૪
યુનિવર્સિટી ઓફ ચાઇનીઝ એકેડેમી ઓફ સાયન્સ અને કેપિટલ મેડિકલ યુનિવર્સિટીની બેઇજિંગ ચેસ્ટ હોસ્પિટલ સાથે મળીને, મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટે નવી પેઢીના ટાર્ગેટેડ સિક્વન્સિંગ (tNGS) ટેકનોલોજી અને મશીન લર્નિંગ પદ્ધતિ પર આધારિત ટ્યુબરક્યુલોસિસ નિદાન મોડેલ સ્થાપિત કર્યું, જેણે થોડા બેક્ટેરિયા અને ટ્યુબરક્યુલોસ મેનિન્જાઇટિસવાળા ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે અતિ-ઉચ્ચ શોધ સંવેદનશીલતા પ્રદાન કરી, બે પ્રકારના ટ્યુબરક્યુલોસિસના ક્લિનિકલ નિદાન માટે એક નવી અતિસંવેદનશીલતા નિદાન પદ્ધતિ પ્રદાન કરી, અને ટ્યુબરક્યુલોસિસના સચોટ નિદાન, ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ અને સારવારમાં મદદ કરી. તે જ સમયે, એવું જાણવા મળ્યું છે કે દર્દીના પ્લાઝ્મા cfDNA નો ઉપયોગ TBM ના નિદાનમાં ક્લિનિકલ નમૂના લેવા માટે યોગ્ય નમૂના પ્રકાર તરીકે થઈ શકે છે.
આ અભ્યાસમાં, 227 પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી નમૂનાઓનો ઉપયોગ બે ક્લિનિકલ સમૂહ સ્થાપિત કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો, જેમાં પ્રયોગશાળા ડાયગ્નોસ્ટિક સમૂહ નમૂનાઓનો ઉપયોગ ટ્યુબરક્યુલોસિસ નિદાનના મશીન લર્નિંગ મોડેલને સ્થાપિત કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો, અને ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક સમૂહ નમૂનાઓનો ઉપયોગ સ્થાપિત ડાયગ્નોસ્ટિક મોડેલને ચકાસવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો. બધા નમૂનાઓને પહેલા માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે ખાસ રચાયેલ લક્ષિત કેપ્ચર પ્રોબ પૂલ દ્વારા લક્ષ્યાંકિત કરવામાં આવ્યા હતા. પછી, TB-tNGS સિક્વન્સિંગ ડેટાના આધારે, નિર્ણય વૃક્ષ મોડેલનો ઉપયોગ પ્રયોગશાળા ડાયગ્નોસ્ટિક કતારના તાલીમ અને માન્યતા સેટ પર 5-ગણો ક્રોસ-વેલિડેશન કરવા માટે કરવામાં આવે છે, અને પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી નમૂનાઓના ડાયગ્નોસ્ટિક થ્રેશોલ્ડ મેળવવામાં આવે છે. પ્રાપ્ત થ્રેશોલ્ડને શોધ માટે ક્લિનિકલ નિદાન કતારના બે પરીક્ષણ સેટમાં લાવવામાં આવે છે, અને શીખનારના ડાયગ્નોસ્ટિક પ્રદર્શનનું મૂલ્યાંકન ROC વળાંક દ્વારા કરવામાં આવે છે. અંતે, ટ્યુબરક્યુલોસિસનું નિદાન મોડેલ મેળવવામાં આવ્યું હતું.
આકૃતિ 1 સંશોધન ડિઝાઇનનો યોજનાકીય આકૃતિ
પરિણામો: આ અભ્યાસમાં નક્કી કરાયેલા CSF DNA નમૂના (AUC = 0.974) અને પ્લાઝ્મા cfDNA નમૂના (AUC = 0.908) ના ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ અનુસાર, 227 નમૂનાઓમાં, CSF નમૂનાની સંવેદનશીલતા 97.01%, વિશિષ્ટતા 95.65%, અને પ્લાઝ્મા નમૂનાની સંવેદનશીલતા અને વિશિષ્ટતા 82.61% અને 86.36% હતી. TBM દર્દીઓમાંથી પ્લાઝ્મા cfDNA અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ ફ્લુઇડ DNA ના 44 જોડી નમૂનાઓના વિશ્લેષણમાં, આ અભ્યાસની ડાયગ્નોસ્ટિક વ્યૂહરચના પ્લાઝ્મા cfDNA અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ ફ્લુઇડ DNA માં 90.91% (40/44) ની ઉચ્ચ સુસંગતતા ધરાવે છે, અને સંવેદનશીલતા 95.45% (42/44) છે. પલ્મોનરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ ધરાવતા બાળકોમાં, આ અભ્યાસની નિદાન વ્યૂહરચના એ જ દર્દીઓના ગેસ્ટ્રિક જ્યુસના નમૂનાઓના Xpert શોધ પરિણામો કરતાં પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ પ્રત્યે વધુ સંવેદનશીલ છે (28.57% VS 15.38%).
આકૃતિ 2 વસ્તી નમૂનાઓ માટે ક્ષય રોગ નિદાન મોડેલનું વિશ્લેષણ પ્રદર્શન
આકૃતિ 3 જોડીવાળા નમૂનાઓના ડાયગ્નોસ્ટિક પરિણામો
નિષ્કર્ષ: આ અભ્યાસમાં ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે એક અતિસંવેદનશીલ નિદાન પદ્ધતિ સ્થાપિત કરવામાં આવી હતી, જે ઓલિગોબેસિલરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ (નેગેટિવ કલ્ચર) ધરાવતા ક્લિનિકલ દર્દીઓ માટે સૌથી વધુ શોધ સંવેદનશીલતા સાથે નિદાન સાધન પ્રદાન કરી શકે છે. પ્લાઝ્મા cfDNA પર આધારિત અતિસંવેદનશીલ ટ્યુબરક્યુલોસિસની તપાસ સક્રિય ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ટ્યુબરક્યુલોસ મેનિન્જાઇટિસના નિદાન માટે યોગ્ય નમૂના પ્રકાર હોઈ શકે છે (મગજના ટ્યુબરક્યુલોસિસના શંકાસ્પદ દર્દીઓ માટે સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી કરતાં પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ એકત્રિત કરવા સરળ છે).
મૂળ લિંક: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટ ટ્યુબરક્યુલોસિસ શ્રેણી શોધ ઉત્પાદનોનો સંક્ષિપ્ત પરિચય
ટ્યુબરક્યુલોસિસના દર્દીઓની જટિલ નમૂનાની પરિસ્થિતિ અને વિવિધ જરૂરિયાતોને ધ્યાનમાં રાખીને, મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટ ગળફાના નમૂનાઓમાંથી પ્રવાહી નિષ્કર્ષણ, ક્વોલકોમ લાઇબ્રેરી બાંધકામ અને ક્રમ અને ડેટા વિશ્લેષણ માટે NGS ઉકેલોનો સંપૂર્ણ સેટ પૂરો પાડે છે. ઉત્પાદનોમાં ટ્યુબરક્યુલોસિસના દર્દીઓનું ઝડપી નિદાન, ટ્યુબરક્યુલોસિસના ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ, માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને NTM નું ટાઇપિંગ, બેક્ટેરિયા-નેગેટિવ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ટ્યુબરક્યુલોસિસવાળા લોકોનું અતિસંવેદનશીલતા નિદાન વગેરેનો સમાવેશ થાય છે.
ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને માયકોબેક્ટેરિયા માટે સીરીયલ ડિટેક્શન કીટ:
| વસ્તુ નંબર | ઉત્પાદન નામ | ઉત્પાદન પરીક્ષણ સામગ્રી | નમૂનાનો પ્રકાર | લાગુ મોડેલ |
| HWTS-3012 | નમૂના પ્રકાશન એજન્ટ | ગળફાના નમૂનાઓના લિક્વિફેક્શન ટ્રીટમેન્ટમાં ઉપયોગમાં લેવાતા, સુટોંગ મશીનરી ઇક્વિપમેન્ટ 20230047 નામનો પ્રથમ-વર્ગનો રેકોર્ડ નંબર મેળવ્યો છે. | ગળફા | |
| HWTS-NGS-P00021 | અતિસંવેદનશીલ ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે ક્વોલકોમ જથ્થા શોધ કીટ (પ્રોબ કેપ્ચર પદ્ધતિ) | બેક્ટેરિયા-નેગેટિવ પલ્મોનરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને મગજના નોડ્યુલ્સ માટે નોન-ઇન્વેસિવ (લિક્વિડ બાયોપ્સી) અતિસંવેદનશીલતા શોધ; ટ્યુબરક્યુલોસિસ અથવા નોન-ટ્યુબરક્યુલોસિસ માયકોબેક્ટેરિયાથી ચેપગ્રસ્ત હોવાની શંકા ધરાવતા લોકોના નમૂનાઓનું ઉચ્ચ-ઊંડાણપૂર્વકના સિક્વન્સિંગ મેટાજેનોમિક્સ દ્વારા વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું, અને ટ્યુબરક્યુલોસિસ અથવા નોન-ટ્યુબરક્યુલોસિસ માયકોબેક્ટેરિયા ચેપગ્રસ્ત હતા કે કેમ તેની શોધ માહિતી અને માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસની મુખ્ય પ્રથમ-લાઇન દવા પ્રતિકાર માહિતી પ્રદાન કરવામાં આવી હતી. | પેરિફેરલ બ્લડ, એલ્વીલોર લેવેજ ફ્લુઇડ, હાઇડ્રોથોરેક્સ અને એસાઇટ્સ, ફોકસ પંચર સેમ્પલ, સેરેબ્રોસ્પાઇનલ ફ્લુઇડ. | બીજી પેઢી |
| HWTS-NGS-T001 | માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ અને ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ કીટ (મલ્ટિપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિ) | માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ ટેસ્ટ, જેમાં MTBC અને 187 NTMનો સમાવેશ થાય છે.；માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસની ડ્રગ પ્રતિકાર શોધમાં 13 દવાઓ અને ડ્રગ પ્રતિકાર જનીનોના 16 મુખ્ય પરિવર્તન સ્થળોનો સમાવેશ થાય છે. | ગળફા, મૂર્ધન્ય લેવેજ પ્રવાહી, હાઇડ્રોથોરેક્સ અને જલોદર, ફોકસ પંચર નમૂના, સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી. | બીજી/ત્રીજી પેઢીનું ડ્યુઅલ પ્લેટફોર્મ |
હાઇલાઇટ્સ: HWTS-NGS-T001 માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન કીટ (મલ્ટિપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન પદ્ધતિ)
ઉત્પાદન પરિચય
આ ઉત્પાદન WHO ટીબી સારવાર માર્ગદર્શિકામાં વર્ણવેલ મુખ્ય પ્રથમ અને બીજી હરોળની દવાઓ, NTM સારવાર માર્ગદર્શિકામાં સામાન્ય રીતે ઉપયોગમાં લેવાતા મેક્રોલાઇડ્સ અને એમિનોગ્લાયકોસાઇડ્સ પર આધારિત છે, અને ડ્રગ પ્રતિકાર સ્થળો WHO માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ કોમ્પ્લેક્સ મ્યુટેશન કેટલોગમાં ડ્રગ પ્રતિકાર-સંબંધિત સ્થળોના તમામ એક જૂથને આવરી લે છે, તેમજ દેશ અને વિદેશમાં ઉચ્ચ-સ્કોરિંગ સાહિત્યની તપાસ અને આંકડા અનુસાર અન્ય રિપોર્ટ કરાયેલ ડ્રગ પ્રતિકાર જનીનો અને પરિવર્તન સ્થળોને આવરી લે છે.
ટાઇપિંગ ઓળખ ચાઇનીઝ જર્નલ ઓફ ટ્યુબરક્યુલોસિસ એન્ડ રેસ્પિરેટરી ડિસીઝ દ્વારા પ્રકાશિત NTM માર્ગદર્શિકામાં સારાંશ આપેલા NTM સ્ટ્રેન્સ અને નિષ્ણાતોની સર્વસંમતિ પર આધારિત છે. ડિઝાઇન કરેલા ટાઇપિંગ પ્રાઇમર્સ 190 થી વધુ NTM પ્રજાતિઓને વિસ્તૃત, ક્રમ અને ટીકા કરી શકે છે.
લક્ષિત મલ્ટિપ્લેક્સ પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન ટેકનોલોજી દ્વારા, માયકોબેક્ટેરિયમના જીનોટાઇપિંગ જનીનો અને ડ્રગ-રેઝિસ્ટન્ટ જનીનોને મલ્ટિપ્લેક્સ પીસીઆર દ્વારા એમ્પ્લીફાઇડ કરવામાં આવ્યા હતા, અને શોધવા માટેના લક્ષ્ય જનીનોનું એમ્પ્લીકોન સંયોજન મેળવવામાં આવ્યું હતું. એમ્પ્લીફાઇડ ઉત્પાદનોને બીજી પેઢી અથવા ત્રીજી પેઢીના હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરીઓમાં બનાવી શકાય છે, અને લક્ષ્ય જનીનોની સિક્વન્સ માહિતી મેળવવા માટે તમામ બીજી પેઢી અને ત્રીજી પેઢીના સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મને હાઇ-ડેપ્થ સિક્વન્સિંગને આધિન કરી શકાય છે. બિલ્ટ-ઇન રેફરન્સ ડેટાબેઝ (WHO માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ કોમ્પ્લેક્સ મ્યુટેશન કેટલોગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સાથેના તેના સંબંધ સહિત) માં સમાવિષ્ટ જાણીતા પરિવર્તનો સાથે સરખામણી કરીને, ડ્રગ પ્રતિકાર અથવા એન્ટિ-ટ્યુબરક્યુલોસિસ દવાઓની સંવેદનશીલતા સંબંધિત પરિવર્તનો નક્કી કરવામાં આવ્યા હતા. મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટના સ્વ-ખુલેલા સ્પુટમ નમૂના સારવાર સોલ્યુશન સાથે જોડીને, ક્લિનિકલ સ્પુટમ નમૂનાઓની ઓછી ન્યુક્લિક એસિડ એમ્પ્લીફિકેશન કાર્યક્ષમતા (પરંપરાગત પદ્ધતિઓ કરતા દસ ગણી વધારે) ની સમસ્યા હલ કરવામાં આવી હતી, જેથી ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સિક્વન્સિંગ શોધ સીધી ક્લિનિકલ સ્પુટમ નમૂનાઓ પર લાગુ કરી શકાય.
ઉત્પાદન શોધ શ્રેણી
34દવા પ્રતિકાર-સંબંધિત જનીનો18ક્ષય રોગ વિરોધી દવાઓ અને6NTM દવાઓ મળી આવી હતી, જેમાં આવરી લેવામાં આવ્યું હતું૨૯૭દવા પ્રતિકાર સ્થળો; દસ પ્રકારના માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને તેનાથી વધુ૧૯૦પ્રકારના NTM શોધી કાઢવામાં આવ્યા હતા.
કોષ્ટક 1: 18+6 દવાઓ +190+NTM ની માહિતી
ઉત્પાદનનો ફાયદો
મજબૂત ક્લિનિકલ અનુકૂલનક્ષમતા: ગળફાના નમૂનાઓ કલ્ચર વિના સ્વ-પ્રવાહી એજન્ટ સાથે સીધા શોધી શકાય છે.
પ્રાયોગિક કામગીરી સરળ છે: એમ્પ્લીફિકેશન કામગીરીનો પ્રથમ રાઉન્ડ સરળ છે, અને પુસ્તકાલયનું બાંધકામ 3 કલાકમાં પૂર્ણ થાય છે, જે કાર્યક્ષમતામાં સુધારો કરે છે.
વ્યાપક ટાઇપિંગ અને ડ્રગ પ્રતિકાર: MTB અને NTM ના ટાઇપિંગ અને ડ્રગ પ્રતિકાર સ્થળોને આવરી લે છે, જે ક્લિનિકલ ચિંતાના મુખ્ય મુદ્દાઓ છે, સચોટ ટાઇપિંગ અને ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ, સ્વતંત્ર વિશ્લેષણ સોફ્ટવેરને ટેકો આપવો અને એક ક્લિક સાથે વિશ્લેષણ અહેવાલો જનરેટ કરવો.
સુસંગતતા: ઉત્પાદન સુસંગતતા, મુખ્ય પ્રવાહના ILM અને MGI/ONT પ્લેટફોર્મ્સ સાથે અનુકૂલન.
ઉત્પાદન સ્પષ્ટીકરણ
| પ્રોડક્ટ કોડ | ઉત્પાદન નામ | શોધ પ્લેટફોર્મ | સ્પષ્ટીકરણો |
| HWTS-NGS-T001 | માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ અને ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ કીટ (મલ્ટિપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન પદ્ધતિ) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | ૧૬/૯૬આરએક્સએન |
પોસ્ટ સમય: જાન્યુઆરી-23-2024