#મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટ દ્વારા ગ્રાઉન્ડબ્રેકિંગ ટીબી અને ડીઆર-ટીબી ડાયગ્નોસ્ટિક સોલ્યુશન!

ટ્યુબરક્યુલોસિસ નિદાન અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન માટે નવું શસ્ત્ર: ટ્યુબરક્યુલોસિસ અતિસંવેદનશીલતા નિદાન માટે મશીન લર્નિંગ સાથે સંયુક્ત નવી જનરેશન ટાર્ગેટેડ સિક્વન્સિંગ (tNGS)

સાહિત્ય અહેવાલ: CCa: tNGS અને મશીન લર્નિંગ પર આધારિત ડાયગ્નોસ્ટિક મોડલ, જે ઓછા બેક્ટેરિયલ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ટ્યુબરક્યુલસ મેનિન્જાઇટિસ ધરાવતા લોકો માટે યોગ્ય છે.

થીસીસ શીર્ષક: ટ્યુબરક્યુલસ-લક્ષિત નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ અને મશીન લર્નિંગ: પેસિફિક પલ્મોનરી ટ્યુબ્યુલર્સ અને ટ્યુબ્યુલર મેનિન્જાઇટિસ માટે અતિસંવેદનશીલ ડાયગ્નોસ્ટિક વ્યૂહરચના.

સામયિક: 《ક્લિનિકા ચિમિકા એક્ટા》

IF: 6.5

પ્રકાશન તારીખ: જાન્યુઆરી 2024

યુનિવર્સિટી ઓફ ચાઈનીઝ એકેડેમી ઓફ સાયન્સ અને કેપિટલ મેડિકલ યુનિવર્સિટીની બેઈજિંગ ચેસ્ટ હોસ્પિટલ સાથે મળીને, મેક્રો અને માઈક્રો-ટેસ્ટએ નવી પેઢીના લક્ષ્યાંકિત સિક્વન્સિંગ (tNGS) ટેક્નોલોજી અને મશીન લર્નિંગ પદ્ધતિ પર આધારિત ટ્યુબરક્યુલોસિસ ડાયગ્નોસિસ મોડલની સ્થાપના કરી, જેણે અતિ-ઉચ્ચ ગુણવત્તા પ્રદાન કરી. થોડા બેક્ટેરિયા અને ટ્યુબરક્યુલસ મેનિન્જાઇટિસ સાથે ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે ડિટેક્શન સંવેદનશીલતા, બે પ્રકારના ટ્યુબરક્યુલોસિસના ક્લિનિકલ નિદાન માટે નવી અતિસંવેદનશીલતા નિદાન પદ્ધતિ પ્રદાન કરી, અને ક્ષય રોગના સચોટ નિદાન, ડ્રગ પ્રતિકાર શોધ અને સારવારમાં મદદ કરી.તે જ સમયે, એવું જાણવા મળ્યું છે કે દર્દીના પ્લાઝ્મા cfDNA નો ઉપયોગ ટીબીએમના નિદાનમાં ક્લિનિકલ સેમ્પલિંગ માટે યોગ્ય નમૂનાના પ્રકાર તરીકે થઈ શકે છે.

આ અભ્યાસમાં, 227 પ્લાઝ્મા સેમ્પલ અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ ફ્લુઇડ સેમ્પલનો ઉપયોગ બે ક્લિનિકલ કોહોર્ટ્સ સ્થાપિત કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો, જેમાં લેબોરેટરી ડાયગ્નોસ્ટિક કોહોર્ટ સેમ્પલનો ઉપયોગ ટ્યુબરક્યુલોસિસ ડાયગ્નોસિસના મશીન લર્નિંગ મૉડલને સ્થાપિત કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો અને ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક કોહોર્ટ સેમ્પલનો ઉપયોગ સ્થાપિત ચકાસવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો. ડાયગ્નોસ્ટિક મોડલ.માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે ખાસ ડિઝાઇન કરાયેલ લક્ષ્યાંકિત કેપ્ચર પ્રોબ પૂલ દ્વારા તમામ નમૂનાઓને પ્રથમ લક્ષિત કરવામાં આવ્યા હતા.પછી, TB-tNGS સિક્વન્સિંગ ડેટાના આધારે, લેબોરેટરી ડાયગ્નોસ્ટિક કતારના પ્રશિક્ષણ અને માન્યતા સેટ પર 5-ગણો ક્રોસ-વેલિડેશન કરવા માટે નિર્ણય ટ્રી મોડલનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે, અને પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહીના નમૂનાઓના ડાયગ્નોસ્ટિક થ્રેશોલ્ડ મેળવવામાં આવે છે.પ્રાપ્ત થ્રેશોલ્ડને તપાસ માટે ક્લિનિકલ નિદાન કતારના બે પરીક્ષણ સેટમાં લાવવામાં આવે છે, અને શીખનારના ડાયગ્નોસ્ટિક પ્રદર્શનનું આરઓસી વળાંક દ્વારા મૂલ્યાંકન કરવામાં આવે છે.અંતે, ક્ષય રોગનું નિદાન મોડેલ પ્રાપ્ત થયું.

ફિગ. 1 સંશોધન ડિઝાઇનનું યોજનાકીય આકૃતિ

પરિણામો: આ અભ્યાસમાં નિર્ધારિત CSF DNA નમૂના (AUC = 0.974) અને પ્લાઝ્મા cfDNA નમૂના (AUC = 0.908) ના ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ અનુસાર, 227 નમૂનાઓમાં, CSF નમૂનાની સંવેદનશીલતા 97.01% હતી, વિશિષ્ટતા 95.65% હતી, અને પ્લાઝ્મા નમૂનાની સંવેદનશીલતા અને વિશિષ્ટતા 82.61% અને 86.36% હતી.TBM દર્દીઓમાંથી પ્લાઝ્મા cfDNA અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી ડીએનએના 44 જોડી નમૂનાઓના વિશ્લેષણમાં, આ અભ્યાસની ડાયગ્નોસ્ટિક વ્યૂહરચના પ્લાઝ્મા cfDNA અને સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી ડીએનએમાં 90.91% (40/44) ની ઉચ્ચ સુસંગતતા ધરાવે છે, અને 945% sensitivity છે. (42/44).પલ્મોનરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ ધરાવતા બાળકોમાં, આ અભ્યાસની ડાયગ્નોસ્ટિક વ્યૂહરચના એ જ દર્દીઓ (28.57% VS 15.38%) ના ગેસ્ટ્રિક રસના નમૂનાઓના એક્સપર્ટ શોધ પરિણામો કરતાં પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ પ્રત્યે વધુ સંવેદનશીલ છે.

ફિગ. 2 વસ્તીના નમૂનાઓ માટે ક્ષય રોગ નિદાન મોડેલનું વિશ્લેષણ પ્રદર્શન

ફિગ. 3 જોડી નમૂનાઓના ડાયગ્નોસ્ટિક પરિણામો

નિષ્કર્ષ: આ અભ્યાસમાં ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે અતિસંવેદનશીલ નિદાન પદ્ધતિની સ્થાપના કરવામાં આવી હતી, જે ઓલિગોબેસિલરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ (નકારાત્મક સંસ્કૃતિ) ધરાવતા ક્લિનિકલ દર્દીઓ માટે ઉચ્ચતમ તપાસ સંવેદનશીલતા સાથે નિદાન સાધન પ્રદાન કરી શકે છે.પ્લાઝ્મા cfDNA પર આધારિત અતિસંવેદનશીલ ટ્યુબરક્યુલોસિસની તપાસ સક્રિય ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ટ્યુબરક્યુલસ મેનિન્જાઇટિસના નિદાન માટે યોગ્ય નમૂનાનો પ્રકાર હોઈ શકે છે (મગજના ક્ષય રોગના શંકાસ્પદ દર્દીઓ માટે સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી કરતાં પ્લાઝ્મા નમૂનાઓ એકત્રિત કરવા માટે સરળ છે).

મૂળ લિંક: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihub દ્વારા

મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટ ટ્યુબરક્યુલોસિસ શ્રેણી શોધ ઉત્પાદનોનો સંક્ષિપ્ત પરિચય

ટ્યુબરક્યુલોસિસના દર્દીઓની જટિલ નમૂનાની પરિસ્થિતિ અને વિવિધ જરૂરિયાતોને ધ્યાનમાં રાખીને, મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટ સ્પુટમ નમૂનાઓમાંથી પ્રવાહી નિષ્કર્ષણ, ક્યુઅલકોમ લાઇબ્રેરી બાંધકામ અને ક્રમ, અને ડેટા વિશ્લેષણ માટે NGS ઉકેલોનો સંપૂર્ણ સેટ પ્રદાન કરે છે.ઉત્પાદનોમાં ક્ષય રોગના દર્દીઓનું ઝડપી નિદાન, ક્ષય રોગની દવા પ્રતિકાર શોધ, માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને એનટીએમનું ટાઇપિંગ, બેક્ટેરિયા-નેગેટિવ ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને ક્ષયગ્રસ્ત લોકોનું અતિસંવેદનશીલતા નિદાન વગેરેને આવરી લેવામાં આવ્યા છે.

ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને માયકોબેક્ટેરિયા માટે સીરીયલ ડિટેક્શન કિટ્સ:

વસ્તુ નંબર	ઉત્પાદન નામ	ઉત્પાદન પરીક્ષણ સામગ્રી	નમૂના પ્રકાર	લાગુ મોડલ
HWTS-3012	નમૂના પ્રકાશન એજન્ટ	સ્પુટમ સેમ્પલની લિક્વિફિકેશન ટ્રીટમેન્ટમાં ઉપયોગમાં લેવાય છે, તેણે ફર્સ્ટ-ક્લાસ રેકોર્ડ નંબર, સુટોંગ મશીનરી ઇક્વિપમેન્ટ 20230047 મેળવ્યો છે.	સ્પુટમ
HWTS-NGS-P00021	અતિસંવેદનશીલ ટ્યુબરક્યુલોસિસ માટે ક્યુઅલકોમ જથ્થા શોધ કીટ (પ્રોબ કેપ્ચર પદ્ધતિ)	બિન-આક્રમક (પ્રવાહી બાયોપ્સી) બેક્ટેરિયા-નેગેટિવ પલ્મોનરી ટ્યુબરક્યુલોસિસ અને મગજ નોડ્યુલ્સ માટે અતિસંવેદનશીલતા શોધ;ટ્યુબરક્યુલોસિસ અથવા નોન-ટ્યુબરક્યુલોસિસ માયકોબેક્ટેરિયાથી સંક્રમિત હોવાની શંકાસ્પદ લોકોના નમૂનાઓનું ઉચ્ચ-ઊંડાઈના સિક્વન્સિંગ મેટાજેનોમિક્સ દ્વારા પૃથ્થકરણ કરવામાં આવ્યું હતું, અને ક્ષય રોગ કે નોન-ટ્યુબરક્યુલોસિસ માયકોબેક્ટેરિયા ચેપગ્રસ્ત હતા કે કેમ તેની તપાસ માહિતી અને માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસની મુખ્ય પ્રથમ લાઇન ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ માહિતી. પ્રદાન કરવામાં આવ્યા હતા.	પેરિફેરલ રક્ત, મૂર્ધન્ય લેવેજ પ્રવાહી, હાઇડ્રોથોરેક્સ અને જલોદર, ફોકસ પંચર નમૂના, સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી.	બીજી પેઢી
HWTS-NGS-T001	માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઈપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન કિટ (મલ્ટીપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિ)	MTBC અને 187 NTM સહિત માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ ટેસ્ટ;માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસના ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શનમાં 13 દવાઓ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ જીન્સની 16 કોર મ્યુટેશન સાઇટ્સ આવરી લેવામાં આવી છે.	સ્પુટમ, મૂર્ધન્ય લેવેજ પ્રવાહી, હાઇડ્રોથોરેક્સ અને જલોદર, ફોકસ પંચર નમૂના, સેરેબ્રોસ્પાઇનલ પ્રવાહી.	બીજી/ત્રીજી પેઢીનું ડ્યુઅલ પ્લેટફોર્મ

હાઇલાઇટ્સ: HWTS-NGS-T001 માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઇપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન કિટ (મલ્ટીપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન પદ્ધતિ)

ઉત્પાદન પરિચય

ઉત્પાદન WHO ટીબી સારવાર માર્ગદર્શિકામાં વર્ણવેલ મુખ્ય પ્રથમ અને બીજી લાઇન દવાઓ પર આધારિત છે, સામાન્ય રીતે NTM સારવાર માર્ગદર્શિકામાં ઉપયોગમાં લેવાતા મેક્રોલાઇડ્સ અને એમિનોગ્લાયકોસાઇડ્સ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સાઇટ્સ ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સંબંધિત સાઇટ્સના તમામ એક જૂથને આવરી લે છે. ડબ્લ્યુએચઓ માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ કોમ્પ્લેક્સ મ્યુટેશન કેટેલોગ, તેમજ દેશ-વિદેશમાં ઉચ્ચ-સ્કોરિંગ સાહિત્યની તપાસ અને આંકડા અનુસાર ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ જનીનો અને મ્યુટેશન સાઇટ્સની જાણ કરવામાં આવી છે.

ટાઈપિંગ ઓળખ ચાઈનીઝ જર્નલ ઓફ ટ્યુબરક્યુલોસિસ એન્ડ રેસ્પિરેટરી ડિસીઝ અને નિષ્ણાતોની સર્વસંમતિ દ્વારા પ્રકાશિત NTM માર્ગદર્શિકામાં સંક્ષિપ્ત NTM સ્ટ્રેઈન પર આધારિત છે.ડિઝાઇન કરેલ ટાઇપિંગ પ્રાઇમર્સ 190 થી વધુ NTM પ્રજાતિઓને વિસ્તૃત, ક્રમ અને ટીકા કરી શકે છે.

લક્ષિત મલ્ટિપ્લેક્સ પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન ટેકનોલોજી દ્વારા, જીનોટાઈપીંગ જનીનો અને માયકોબેક્ટેરિયમના ડ્રગ-પ્રતિરોધક જનીનોને મલ્ટિપ્લેક્સ પીસીઆર દ્વારા વિસ્તૃત કરવામાં આવ્યા હતા, અને શોધી કાઢવાના લક્ષ્ય જનીનોનું એમ્પલીકોન સંયોજન પ્રાપ્ત થયું હતું.એમ્પ્લીફાઇડ ઉત્પાદનોને બીજી પેઢીની અથવા ત્રીજી પેઢીની ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરીઓમાં બનાવી શકાય છે, અને તમામ સેકન્ડ-જનરેશન અને ત્રીજી-પેઢીના સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મને લક્ષ્ય જનીનોની ક્રમની માહિતી મેળવવા માટે ઉચ્ચ-ઊંડાણવાળા સિક્વન્સિંગને આધિન કરી શકાય છે.બિલ્ટ-ઇન રેફરન્સ ડેટાબેઝ (WHO માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસ કોમ્પ્લેક્સ મ્યુટેશન કેટેલોગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સાથેના તેના સંબંધ સહિત)માં સમાવિષ્ટ જાણીતા પરિવર્તનો સાથે સરખામણી કરીને, ડ્રગ પ્રતિકાર અથવા એન્ટિ-ટ્યુબરક્યુલોસિસ દવાઓની સંવેદનશીલતા સંબંધિત પરિવર્તનો નક્કી કરવામાં આવ્યા હતા.મેક્રો અને માઇક્રો-ટેસ્ટના સ્વ-ખુલ્લા સ્પુટમ સેમ્પલ ટ્રીટમેન્ટ સોલ્યુશન સાથે જોડીને, ક્લિનિકલ સ્પુટમ સેમ્પલની ઓછી ન્યુક્લીક એસિડ એમ્પ્લીફિકેશન કાર્યક્ષમતા (પરંપરાગત પદ્ધતિઓ કરતા દસ ગણી વધારે)ની સમસ્યા હલ કરવામાં આવી હતી, જેથી ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સિક્વન્સિંગ શોધી શકાય. સીધા ક્લિનિકલ સ્પુટમ નમૂનાઓ પર લાગુ.

ઉત્પાદન શોધ શ્રેણી

34ના ડ્રગ પ્રતિકાર-સંબંધિત જનીનો18એન્ટિ-ટ્યુબરક્યુલોસિસ દવાઓ અને6NTM દવાઓ મળી આવી હતી, આવરી લેવામાં આવી હતી297ડ્રગ પ્રતિકાર સાઇટ્સ;માયકોબેક્ટેરિયમ ટ્યુબરક્યુલોસિસના દસ પ્રકારો અને તેનાથી વધુ190NTM ના પ્રકારો મળી આવ્યા હતા.

કોષ્ટક 1: 18+6 દવાઓ +190+NTM ની માહિતી

ઉત્પાદન લાભ

મજબૂત ક્લિનિકલ અનુકૂલનક્ષમતા: સ્પુટમ નમૂનાઓ સંસ્કૃતિ વિના સ્વ-પ્રવાહી એજન્ટ સાથે સીધા જ શોધી શકાય છે.

પ્રાયોગિક કામગીરી સરળ છે: એમ્પ્લીફિકેશન ઓપરેશનનો પ્રથમ રાઉન્ડ સરળ છે, અને પુસ્તકાલયનું બાંધકામ 3 કલાકમાં પૂર્ણ થાય છે, જે કાર્યક્ષમતામાં સુધારો કરે છે.

વ્યાપક ટાઈપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ: MTB અને NTM ના ટાઈપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ સાઇટ્સને આવરી લે છે, જે ક્લિનિકલ ચિંતાના મુખ્ય મુદ્દાઓ છે, સચોટ ટાઈપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન, સ્વતંત્ર વિશ્લેષણ સોફ્ટવેરને સપોર્ટ કરે છે, અને એક ક્લિક સાથે વિશ્લેષણ રિપોર્ટ્સ જનરેટ કરે છે.

સુસંગતતા: ઉત્પાદન સુસંગતતા, મુખ્ય પ્રવાહના ILM અને MGI/ONT પ્લેટફોર્મને અનુકૂલન.

પેદાશ વર્ણન

ઉત્પાદન કોડ	ઉત્પાદન નામ	તપાસ પ્લેટફોર્મ	સ્પષ્ટીકરણો
HWTS-NGS-T001	માયકોબેક્ટેરિયમ ટાઈપિંગ અને ડ્રગ રેઝિસ્ટન્સ ડિટેક્શન કિટ (મલ્ટીપ્લેક્સ એમ્પ્લીફિકેશન પદ્ધતિ)	ONT、Illumina、MGI、Salus pro	16/96rxn